История монастыря восходит к середине XVI в. Основателем обители был инок Нифонт. Заслуга устроения монастыря и организация строительства первых храмов принадлежит преп. Серапиону. В начале XVII в. в монастырь приходит преп. Никодим и вскоре удаляется для уединенной жизни на р. Хозъюгу на некотором расстоянии от монастыря. Преп. Никодим почил в 1639 г.
К концу XVI в. в монастыре было построено уже два храма: холодная церковь во имя Богоявления Господня (1580-е гг.), видимо теплая церковь во имя Благовещения Пресвятой Богородицы (1590-е гг.). Еще имеется упоминание о теплой церкви во имя Николая Чудотворца (1590-е гг.), но более вероятно, что на ранней стадии развития монастыря в нем было только две церкви – теплая и холодная. Как мы увидим далее, Никольским был придел. Об архитектуре этих храмов сведений не имеется. Число монахов при преп. Серапионе достигало сорока.
Первые церкви сгорели в 1634 г., после чего сразу последовало их возобновление. Следующие два храма были того же посвящения. О них уже есть некоторые сведения: Богоявленская церковь была холодная, Благовещенская – пятиглавая, теплая, с трапезной, на каменном фундаменте, кресты обиты белым железом. Еще была часовня с захоронением преп. Серапиона и игумена Авраамия. С большой долей вероятности можно предположить, что она была перед алтарем Богоявленской церкви.
Игуменом Кожеозерского монастыря с 1642 по 1647 г. был Никон – в будущем патриарх. Хочется предположить, что он вел в монастыре активное строительство, но скорее всего восстановление сгоревших церквей произошло до его игуменства.
Первоначально монастырь располагался на небольшом полуострове напротив Лопского острова. На ранних этапах монастырского строительства полуостров и остров были соединены насыпным перешейком. Прилегающие к монастырю земли использовались для сельскохозяйственной деятельности. Во второй половине XVII в. монастырь имел ограду. В документах упоминается ее длина 200 сажен.
Монастырские храмы в очередной раз сгорели в 1692 г. Новые храмы холодный – во имя Богоявления Господня с приделом во имя Николая Чудотворца и теплый – Благовещения Пресвятой Богородицы с трапезой были построены в период с 1693 по 1698 гг. В 1706 г. Благовещенская церковь реконструировалась с добавлением двух приделов во имя Первоверховных Св. Апостолов Петра и Павла и Евангелиста Иоанна Богослова и Андрея Первозванного. В 1714 г. была построена надвратная Ильинская церковь. По разным описаниям первой половины – середины XVIII в. в монастыре было от 8 до 13 келий.
В 1730 г. в монастыре случился третий крупный пожар, после чего была построена уже одна двухэтажная церковь. В документах она называется Благовещенская. В этот же период была построена шатровая колокольня над Святыми вратами. Монастырь приходит в упадок. С 1758 г. его приписывают к Спас-Каргопольскому монастырю, а в 1764 г. упраздняют. Приход просуществовал до 1845 г., после чего церковь приписали к Прилуцкому приходу на Онеге.
Возрождение монастыря начинается в середине XIX в. с приходом на Кожозеро иеромонаха Митрофана. В 1851 г. Благовещенская церковь сгорела. В 1851 – 1855 гг. была построена Богоявленская церковь с Благовещенским и Никольским приделами. Известно, что церковь была с колокольней и под церковью с южной стороны была «пещера» с мощами преп. Никодима. Для нас важно, что Богоявленская церковь после всех пожаров возобновлялась на прежнем месте и под церковью покоятся мощи преподобного. Эта церковь простояла до 1884 г., когда была умышленно сожжена. В 1889 г. она была выстроена вновь. Рядом еще стояла церковь Иоанна Предтечи, переделанная из ранее построенной часовни. Это все было на старом монастырском месте.
Каменное монастырское строительство было начато на новом месте – на прилегающей части бывшего острова Лопского и на перешейке. Успенский собор строился с 1864 г., но освящен был только в 1882 и 1883 гг. Стены давали трещины, и в итоге боковые купола для облегчения сделали деревянными. К Успенскому собору с южной стороны была пристроена трапезная с церковью Святителя Алексия митрополита московского. В 1911 г. была возведена, но, как упоминается, не достроена колокольня над Святыми воротами. Ее верх имел «четыре пролета в виде арок с деревянными решетками – перилами». По бокам от ворот располагались помещения. С запада – для звонаря и привратника, с востока – просфорная.
В конце XIX – начале ХХ в. в монастыре было построено немало разных жилых и хозяйственных построек. На старом монастырском месте примерно по периметру бывшей ограды стоял ряд 1-2 этажных зданий. На новом месте напротив Успенского собора был построен двухэтажный наместнический корпус. С севера монастырскую площадь замыкал большой деревянный одноэтажный дом. Дальше к северу по берегу Лопского полуострова располагались амбары, скотные дворы и еще далее – здания кирпичного и смолокуренного заводов. По перешейку выстроилась линия застройки, состоящая из бани, гостиницы, дома для рабочих. В южной части Лопского полуострова располагались овин, ветряная мельница (ныне в музее «Малые Корелы») и еще несколько хозяйственных построек.
На заключительном этапе монастырское строительство велось явно с чрезмерным размахом. Здания располагались на обширной территории, но между ними оставались большие расстояния. Святые ворота предполагали существование ограды, но она так и не была сделана. Складывался облик монастырского комплекса, с одной стороны, с претензией на городской манер, с другой стороны, это явно не соответствовало окружающей северной природе.
В настоящее время большинство монастырских зданий находится в полуразрушенном состоянии. Эксплуатируются только каменный двухэтажный дом, ранее бывший гостиницей, каменная одноэтажная баня, где сейчас находится мастерская, и надвратная церковь Иоанна Богослова, не сохранившая свое подлинное завершение. Успенский собор, трапезная, наместнический корпус и ряд каменных хозяйственных строений сохраняются в виде периметра стен с обрушившимися кровлями и перекрытиями. Кирпичная кладка страдает от постоянного намокания и активно разрушается.
При очевидной невозможности сохранить все монастырские здания, можно задуматься о восстановлении надвратного храма. Стены здания прочны, своды и перемычки проемов не имеют трещин, что говорит о надежности фундамента. Сейчас церковь укрыта консервационной крышей простой формы. На верху стены видны сломанные закомары, расположенные с разных сторон. Пока не понятно, каким было завершение, и было ли оно в свое время построено или так и осталось нереализованным замыслом. Возможно этот вопрос прояснит обследование верха стен внутри чердака. Упоминание четырех арок наводит на предположение о достаточно простом квадратном в плане решении яруса звона. Не исключено, что верх мог быть шатровым, как над предшествующими Святыми воротами XVIII в. Возможно в будущем найдутся документальные данные о том, каким было завершение, и мы получим более достоверную картину.
Церковь Иоанна Богослова сейчас является самым важным зданием монастыря, поэтому воссоздание верха очень актуально. Если подойти к этому с позиции научной реставрации, то необходимо четко разделить подлинник и относительно достоверную надстройку. Можно даже сделать ее деревянной, что не лишено целесообразности, учитывая удаленность и труднодоступность монастыря. В комплексе с надвратной церковью есть смысл использовать и боковые помещения. В западной части хорошо размещаются две жилые комнаты, разделенные общими сенями, в восточной части – просфорная и жилая комната.
Интересен большой деревянный амбар, стоящий в стороне от основных монастырских зданий. Он срублен из хорошего тщательно обработанного леса, но местами стал разрушаться от протечек. Подобных амбаров уже почти не встречается. Каким образом его возможно сохранить и как использовать, непонятно.
Сейчас монастырь находится в замершем состоянии. Здесь живет один человек, своим присутствием и молитвой поддерживающий жизнь на месте. Хочется надеяться, что появятся силы и ресурсы для возрождения обители. Строительных инициатив ждет в первую очередь церковь Иоанна Богослова.
Едва ли не самое важное сейчас – это выявление места захоронения преп. Никодима под бывшей Благовещенской церковью и выявление места захоронения преп. Серапиона и Авраамия.
Историко-архивные исследования в Государственном архиве Архангельской области проведены Т.В. Жигальцовой