Памятник стал первым объектом реставрации А.В. Ополовникова в 1948 г. Проектное решение было нацелено на воссоздание первоначального облика, но оно было реализовано не полностью. В дальнейшем все локальные ремонтно-реставрационные работы проводились в рамках проекта А.В. Ополовникова. В 1980-х гг. было выявлено отклонение основного храмового сруба на север и для предотвращения дальнейшего крена внутрь верхней части восьмерика была вставлена металлическая стержневая конструкция (архитектор и инженер Е.В. Вахрамеев).
Эскизный проект реставрации, выполненный в 2012 г. архитектором Б.Д. Лурье в институте «Спецпроектреставрация» по сути следовал ранее принятым решениям. Однако усилившиеся деформации сруба, его крен на север и многочисленные повреждения бревен гнилью заставили проектировщиков рекомендовать переборку здания.
Проект реставрации и рабочая документация были разработаны в 2015 г. в ЦНРПМ коллективом архитекторов в составе: Бодэ А.Б., Воеводин И.В., Тодорова З.А., Зинина О.А., А.А. Ермакова, Фролова А.Г. Основные решения проекта реставрации 2015 г. продолжают то, что было намечено в эскизном проекте с уточнением ряда деталей. Но метод переборки вызвал возражение. Эта крайняя мера неизбежно применяется при реставрации сильно запущенных объектов, но она влечет за собой потерю подлинности. Удивительная сохранность интерьеров Успенской церкви не допускала мысли о ее разборке. Сруб церкви имел очень неравномерные и относительно небольшие повреждения (не более 25% по оценке, произведенной без установки строительных лесов). Деформации трапезной были значительны, но не угрожали разрушением, стены ее сохраняли вертикальность. Основной сруб неустойчив, но при всей своей высоте он практически не имел деформаций. Все зафиксированные отклонения от вертикали происходили за счет сгнивания и смятия нижних венцов.
В процессе разработки проекта прорабатывались различные варианты реставрации сруба с помощью оборудования для лифтинга. Эти предложения не были одобрены экспертным и профессиональным сообществом, поскольку в стране не имеется положительного опыта использования этого метода на высотных памятниках. В итоге после обсуждений проекта для реставрации сруба Успенской церкви был рекомендован подход, сочетающий разные методы. Заменить сгнившие венцы при переходе от четверика к восьмерику, можно лишь разобрав шатер и восьмерик. Это существенно облегчило бы здание и сократило бы его высоту. В таком состоянии можно было бы вывесить срубы, попытаться выправить деформации трапезной, не допустив разрушений, заменить нижние сгнившие венцы и сделать локальные ремонты бревен.
Сейчас, когда Успенской церкви больше нет, эти рассуждения для нее уже не актуальны. Возникла некоторая дискуссия о необходимости воссоздания храма. Наше мнение на этот счет однозначно. Кондопожская церковь – национальная святыня, без которой русское деревянное зодчество трудно себе представить. Она должна существовать, пусть даже в копии с небольшим уцелевшим фрагментом подлинной стены. Качество воссоздания – это отдельный вопрос, но архитектурно-конструктивные чертежи и большой массив материалов натурных обследований разных лет имеется в достаточном объеме.